Геймплей ремейка очень похож на оригинальную версию, но в игру внесены некоторые изменения. Одной из новых функций является использование сенсорного экрана для управления предметами инвентаря. Кроме того, сенсорный экран иногда используется для воспроизведения песен духового инструмента Ocarina. В игре используется гироскопическая технология системы, чтобы осмотреться и прицелиться из лука, бумеранга, крюка, дальнего выстрела и рогатки игрока в режиме от первого лица. Версия для 3DS включает в себя модифицированные подземелья Master Quest и зеркальный мир в дополнение к оригинальной игре, а также новый режим «Boss Challenge», который позволяет игроку сражаться со всеми боссами по одному или в последовательном порядке. Еще одним новым дополнением является включение дополнительных коротких видеоклипов под названием «Видения», которые служат видео-подсказками на случай, если некоторые новые игроки заблудятся или у них возникнут проблемы с решением многочисленных головоломок игры. Доступ к ним осуществляется через Камни Шейки, которые расположены в доме Линка в лесу Кокири и внутри Храма Времени.