Действие Discovery происходит после Assassin's Creed II и до Assassin's Creed: Brotherhood. Игрок берет на себя роль Эцио Аудиторе да Фиренце, и действие игры происходит в Испании, где Эцио сражается с инквизицией, пытаясь освободить своих товарищей-ассасинов и сорвать злые планы тамплиеров. Игра использует полную 3D графику, но с фиксированной камерой, поэтому она работает и ощущается как платформер с боковой прокруткой. Эцио как всегда смертоносен, но его арсенал ограничен клинком и метательными ножами. В каждой миссии есть определенный режим, который в некоторой степени определяет, как следует проходить уровень. Стелс-режим позволяет вам быть замеченным врагом только определенное количество раз, прежде чем вам придется начать заново с последней контрольной точки. Режим погони требует, чтобы вы убежали или добрались до какого-то места или человека за определенное время. А обычный режим позволяет вам выбрать подход к миссии, который вы хотите использовать. Вы можете бежать и резать врагов или красться и использовать стелс-убийства. В отличие от консольных версий игр, прыжок веры довольно ограничен, и вы никогда не увидите сена, в который прыгаете, а большинство событий будет происходить в виде cut-scene. Но есть укромные места, такие как тени, телеги с сеном, кусты или пустые бочки, которые помогут вам в ваших подкрадывающихся миссиях. Если вы подойдете к врагу сзади, то сможете убить его одним ударом, но если вы предпочитаете лобовую атаку, то вид боя будет зависеть от вашего противника. Более сильные противники могут блокировать ваши атаки, и вам придется либо пробивать их защиту, либо полагаться на контратаки, чтобы нанести им вред. Все приемы не будут доступны с самого начала и будут постепенно открываться по мере прохождения сюжета.