Нина Каленков, красивая женщина, живущая в Берлине, Германия, однажды ночью добирается до рабочего места своего отца в музее и обнаруживает, что он бесследно исчез. Узнав о небрежном отношении полицейского управления к этому делу, она решает сама заняться его поисками. С этого момента с помощью одного из коллег ее отца, молодого Макса Грубера, Нина узнает о заговоре правительств и секретных организаций, связанном с огромным и необъяснимым взрывом, произошедшим в 1908 году в Тунгусском регионе России, который расследовал ее отец. В ходе путешествия им предстоит объехать весь земной шар в поисках улик, которые в конечном итоге раскроют множество тайн по мере приближения к отцу Нины. Нина - главная героиня, но в некоторых частях игры можно управлять Максом. Secret Files: Tunguska - это классическая приключенческая игра от третьего лица в стиле point-and-click, явно вдохновленная старой классикой, представленная на предварительно отрендеренных фонах с 3D-моделями персонажей и CGI-анимацией для некоторых событий. Во время игры важные подсказки сохраняются в дневнике. Инвентарь отображается в нижней части экрана, выбрав предмет и наведя его на другие предметы или различные локации, вы увидите, есть ли для него применение или нет. Кроме того, если включена внутриигровая "Помощь", нажатие кнопки в правом нижнем углу покажет местоположение всех предметов на экране, которые Нина может исследовать.