Идея Jewel Master Atlantis 3D довольно проста. Игра начинается с русалки (или водяного человека, в зависимости от того, кого вы выберете), рассказывающего вам, что некогда великий мифический город Атлантида был затоплен злым богом и что теперь вы должны помочь его восстановить. Для этого требуется довольно много ресурсов, и единственный способ их накопить — это собрать три или более одинаковых плитки на доске. К счастью, приключение стало гораздо более плавным, чем в предыдущих играх. Элементы городского строительства были уменьшены, и теперь основное внимание уделяется прохождению большого количества уровней, а не просто сбору ресурсов. Вам все равно нужно получить определенное количество трех разных ресурсов на уровень, но это только для того, чтобы вы могли пройти этот конкретный уровень.