В этом улучшенном ремейке Pokémon Sapphire Version игроки путешествуют по региону Hoenn, чтобы стать Мастером покемонов. Как и в оригинале, цель состоит в том, чтобы бросить вызов восьми покемонским спортзалам Лиги Хоэнна и заработать значки у их лидеров, а затем сразиться с Элитной четверкой и Чемпионом. Однако мир оказывается под угрозой, когда злодейская команда Аква пытается расширить континенты, воскресив древнего легендарного покемона Киогре. Помимо технических усовершенствований, игра кардинально меняется в некоторых аспектах. Покедекс Hoenn изменен, в него добавлены эволюционные родственники покемонов из его первоначального воплощения. Некоторые записи в покедексе также изменены. Мега-эволюция играет важную роль в сюжетной линии, а также введено новое изменение формы в виде Primal Reversion, эксклюзивное для Groudon и Kyogre. Некоторые персонажи подверглись значительным изменениям в плане внешнего вида. Вместо того чтобы бродить по Hoenn после победы над чемпионом, как в оригинале, Латиас автоматически присоединяется к партии игрока после вызова на Южный остров. Латиас может парить в небесах Хоенна, доставляя игрока в места, известные как Mirage Spots, куда невозможно попасть иным способом. Конкурсы покемонов возвращаются под названием "Зрелищный конкурс" и имеют некоторые новые механики, хотя основной формат остался прежним. После прохождения основного сюжета открывается новая глава под названием "Эпизод Дельта", позволяющая игроку вновь спасти Хоэнн от катастрофы. И наконец, на смену Боевой башне приходит Боевой курорт, где можно встретить суровых тренеров, а также копию Боевого дома из Pokémon X и Y.