Эпизод в серии Metroid Prime, начавшейся на GameCube, происходит между Metroid Prime и Metroid Prime 2: Echoes. Межзвездная охотница за головами Самус Аран отправляется в далекий кластер Алимбик по приказу Галактической Федерации, чтобы расследовать сообщение о том, что источник высшей силы находится в этой пустынной части галактики, где когда-то жила развитая культура. Однако Самус не одинока. Другие расы тоже слышали это таинственное послание. Шесть других охотников за головами, каждый из которых обладает уникальными характеристиками, сделают все, чтобы заполучить реликвии Алимбика по своим собственным причинам. Однопользовательский режим больше сосредоточен на стрельбе, чем в других играх Metroid, но в нем также есть головоломки в классическом стиле Metroid. В отличие от предыдущих игр, Самус с самого начала владеет всеми приемами, но ей все равно приходится искать оружие. В этом режиме игрок также может столкнуться с другими охотниками за головами. Многопользовательский режим похож на игры Unreal Tournament или Quake. Игроки могут выбрать любого охотника, который был побежден в однопользовательском режиме. Всего существует семь режимов, включая: Узлы, Выживание, Баунти, Прайм Хантер, Сражение, Захват и Защитник. Каждый режим имеет свои уникальные правила. Существует огромное количество арен, на которых можно играть по локальной беспроводной сети или через Nintendo Wi-Fi Connection. При использовании кодов друзей включается голосовой чат до и после матчей.