Ученик инженера Линк готов отправиться в замок Хайрул, чтобы получить лицензию инженера и встретиться с самой принцессой Зельдой! Однако во время церемонии Зельда подбрасывает Линку записку, в которой предупреждает его не доверять канцлеру и помочь ей добраться до Башни Духов. Духовные пути (мистические железнодорожные пути, покрывающие землю) стали исчезать, и она подозревает, что причиной этого является канцлер. На пути к Башне канцлер перехватывает их и доказывает правоту подозрений Зельды - он накладывает на нее магическое заклинание, разделяющее ее тело и душу! Линк и Зельда должны работать вместе, чтобы вернуть Зельду к нормальной жизни и снова спасти Хайрул. В игре The Legend of Zelda: Spirit Tracks игрок берет на себя роль Линка. Как и в предыдущей игре, Phantom Hourglass, игрок полностью управляет Линком с помощью стилуса - с его помощью он перемещается, нацеливается на врагов и направляет специальное оружие. Игроку также предлагается рисовать заметки на внутриигровых картах - и в некоторых головоломках это крайне важно. По мере прохождения игры Линк получает новые инструменты, включая ветряную мельницу, которая используется для сдувания мусора, ядовитого газа и врагов, и флейту, которая используется для активации специальных мелодий, открывающих новые области, секреты и многое другое. В некоторых подземельях игроки будут управлять и Линком, и Зельдой, поскольку они работают вместе. В своей духовной форме Зельда может обладать огромными доспехами Призрака, которые можно использовать для блокировки пламени, защиты Линка и переноса его через опасные места. Как следует из названия, основным способом передвижения является поезд. Игроки рисуют маршрут до следующей области на карте, а затем пускают поезд по своему маршруту. Во время движения поезда нужно следить за другими поездами, препятствиями и животными на путях, а также за врагами. Им также нужно следить за оптимальным маршрутом, который они могут менять по мере приближения к перекрестку.