Shin Megami Tensei IV: Apocalypse - это продолжение Shin Megami Tensei IV, действие которого происходит в том же сеттинге, а сюжет является продолжением нейтрального пути предыдущей игры. Действие игры разворачивается в 2038 году в Токио, где 25 лет назад произошла жестокая война между богами, в результате которой небо над городом было покрыто камнями, чтобы избежать контакта с внешним миром. Даже после окончания войны мир по-прежнему лишен нормальности, люди убивают друг друга, а человеком правят как ангелы, так и демоны. Игрок берет под контроль персонажа Нанаси, который после того, как его убили почти в самом начале игры, был возрожден демоном Дагдой в обмен на то, что станет "богоборцем" Дагды. Затем игра медленно направляет игрока через обычную систему выравнивания Shin Megami Tensei, где принятые решения будут граничить либо с Законом, либо с Хаосом, либо с Нейтральным путем, что приведет к множеству различных концовок.