Вселенная Marvel разрывается на части. Появляется закон о сверхчеловеческой регистрации, и Супергерои должны зарегистрироваться как оружие массового уничтожения, став лицензированными правительственными агентами.По мере того как Гражданская война перемешивается, Железный человек возглавляет сторону Pro-Registration, в то время как Captain America возглавляет стенд по антирегистрации. С врагами, с которыми вы сражаетесь, и выполняемыми вами миссиями зависит, на какой стороне вы выберете.