У Человека-паука есть проблема. Мало того, что на него наседают злодеи, желающие расправиться с ним, так они еще и заполучили в свои руки часть очень мощной, очень таинственной таблетки, которая была разбита и разбросана по множеству измерений, чтобы не попасть в смертоносные руки Мистерио. Чтобы победить их, Спайди и три альтернативные версии Спайди (Ultimate, Noir и 2099) должны использовать все свои навыки, способности и быстрые реплики, чтобы победить каждого злодея и восстановить планшет, в свою очередь навсегда остановив Мистерио. В этом издании для Nintendo DS, посвященном старшему брату консоли, Человек-паук проходит через приключения на платформе с боковой прокруткой по четырем различным измерениям, размахивая паутиной и пробиваясь через полчища злодеев. Атаки различаются по силе и скорости, а также могут быть наземными или воздушными. Бонусные паучьи значки можно собирать и тратить на улучшение каждой версии набора навыков персонажа, будь то новая атака или улучшение предыдущей, а также на увеличение уровня здоровья и продолжительности заряда атаки. На каждом уровне есть свой босс, которого можно победить, обнаружив слабое место или правильно подобрав время атаки, чтобы уничтожить его и вернуть часть планшета.